WB目的蛋白为核蛋白,是否需要提取核蛋白再做?
栏目:技术    日期:2023-03-14    来源:admin
Problem

WB目的蛋白为核蛋白,是否需要提取核蛋白再做?提取总蛋白能做出来吗?

我用提取的总蛋白,做了快一个月了都没有结果,内参可以做出来,目的蛋白很模糊,隐隐约约,是因为目的蛋白太少了吗?是不是需要提取核蛋白后才能做?如果提取核蛋白再做,那我的内参该用什么内参呢?

你是否也在纠结以上问题?想解决这些问题,我们需要做如下步骤。
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Step 1
确认蛋白表达水平

      细胞内某一蛋白质的表达水平是指细胞内该蛋白质的合成速率和数量。通常情况下,细胞内的蛋白质表达水平受到基因转录和转译的影响。细胞内的蛋白质表达水平可能会受到外界因素(如药物和病毒感染)的影响,也可能会因为细胞内的调控机制而发生变化。

通常我们可以借助UniProt、BIOGPS、GEPIA、The Human Protein Atlas等工具查询相关蛋白信息。
面我们以UniProt为例,介绍如何查询蛋白表达的相关信息。

首先进入UniProt主页,在搜索栏中输入基因名或关键词,如EGFR,根据种属等信息选择对应的链接入口。

点击Expression,即可查看目标蛋白在不同种属、组织、细胞系中蛋白表达的差异;此外,我们还可以通过GEPIA比较目标蛋白在正常组织和癌症组织中的表达情况。

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Step 2
确认实验目的

确认蛋白的表达水平后,还要确认实验目的,通常有如下两类实验目的:

1.     蛋白定性/半定量

①  通过WB检测蛋白质溶液中目的蛋白质的存在与否(定性);

②  通过WB确定同一蛋白质在不同样本中的多与少(半定量)。


2.     蛋白定位/转运/表达量对比实验

① 蛋白质亚细胞定位:细胞可以分成多个细胞器或者细胞区域,如细胞膜、细胞质、细胞核、线粒体、高尔基体、内质网等,这些细胞器被称为“亚细胞”。通过WB确定目的蛋白质所在的亚细胞位置。

② 蛋白转运:各种蛋白质合成之后要分别运送到细胞中的不同部位,以保证细胞生命活动的正常进行。通过WB确认目的蛋白在细胞不同部位的转移情况。

③ 组分间表达量对比:目的蛋白在不同组分间均有表达,通过WB确认组分间表达量的差异。


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Step 3
根据情况确认制备样品类型

根据目的蛋白表达水平和实验目的即可确认是该使用总蛋白还是核蛋白提取。

实验目的

蛋白表达水平

制备样品类型



定性/半定量

总蛋白


优先考虑提取核蛋白或选择柱式法蛋白提取工具更有效地提取核内蛋白

蛋白定位/

蛋白转位/表达量对比


无论蛋白表达水平高低


必须分离核蛋白



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Step 4
核蛋白的样品制备

当确认需要分离核蛋白再做实验时,尽量选择分离后交叉污染低且操作简单的方法。Invent利用离心管柱技术为不同样品量身打造了不同的细胞核分离工具。

MinuteTM Cytoplasmic and Nuclear Extraction Kits for Cells

(cat#SC-003)

可以快速从哺乳动物细胞,原生质体(植物,细菌,酵母,真菌)中分离天然的胞质和胞核,可应用于核蛋白WB、IP,核蛋白定位、转运研究,RNA定位等多种下游应用。


MinuteTM Cytosolic and Nuclear Extraction Kit for Frozen/Fresh Tissues(cat#NT-032)

组织样品与细胞样品有较大的差异,特别是经过冷冻的组织,在结构上会发生很大变化,故不适合使用细胞样品的试剂盒。本试剂盒可直接使用冷冻或新鲜组织样品进行胞质胞核分离,针对组织样品的特性配制裂解体系,大幅度降低了组织样品胞质胞核分离的交叉污染。



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Step 5
内参选择

WB实验目的蛋白是核蛋白时,如需验证蛋白定位,蛋白转位,组分间表达量对比,需要使用细胞核专用内参,如:Lamin-B1,Lamin-A/C,HDAC1,H3等。


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 总结

WB目的蛋白是核蛋白,并非一定要提取核蛋白才能进行实验,需要根据实验目的及目的蛋白表达水平决定。目的蛋白表达水平低的WB定性实验,优先考虑提取核蛋白降低实验难度,或使用Invent柱式法总蛋白提取工具(Cat#SD-001/SN-002)获取更全的总蛋白。做蛋白定位或蛋白转运,组分间表达量对比等实验,则必须进行核蛋白的分离才能进行实验。


欢迎与我们沟通样品及下游实验方案,为您量身提供相关工具与咨询!




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